Hi Michael, <div><br></div><div>This compile error should be fixed now. You should update Paraview to the latest version and also do a &#39;git submodule update&#39; to update Xdmf.<div><br></div><div>Commit</div><div><br>

</div><div>1ea84e6b53e6290f28993f64a844ca8fadbfbae8</div><div><br></div><div><div>Include &lt;string.h&gt; for XdmfSetStringMacro</div><div>    </div><div>    We need this header for strcmp in the macro implementation.  This error</div>

<div>    went unnoticed previously because places that used XdmfSetStringMacro</div><div>    happened to include &lt;string.h&gt; for another reason.</div><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 10, 2010 at 1:21 PM, Reuter, Michael A. <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:reuterma@ornl.gov">reuterma@ornl.gov</a>&gt;</span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi Utkarsh,<br>
<br>
        Thanks for the pointer on the cmake option as I somehow missed that one. However,<br>
using the PARAVIEW_USE_SYSTEM_HDF5 flag, cmake pointed at the system HDF5 information and a clean build, the following compile time error occurs:<br>
<br>
Scanning dependencies of target Xdmf<br>
[ 47%] Building CXX object Utilities/Xdmf2/libsrc/CMakeFiles/Xdmf.dir/XdmfArray.cxx.o<br>
In file included from /home/2zr/src/ParaView-3.8.0/Utilities/Xdmf2/libsrc/XdmfArray.h:28,<br>
                 from /home/2zr/src/ParaView-3.8.0/Utilities/Xdmf2/libsrc/XdmfArray.cxx:25:<br>
/home/2zr/src/ParaView-3.8.0/Utilities/Xdmf2/libsrc/XdmfDataDesc.h: In member function &#39;XdmfInt32 XdmfDataDesc::SetHeavyDataSetName(const char*)&#39;:<br>
/home/2zr/src/ParaView-3.8.0/Utilities/Xdmf2/libsrc/XdmfDataDesc.h:202: error: &#39;strcmp&#39; was not declared in this scope<br>
/home/2zr/src/ParaView-3.8.0/Utilities/Xdmf2/libsrc/XdmfDataDesc.h:202: error: &#39;strlen&#39; was not declared in this scope<br>
/home/2zr/src/ParaView-3.8.0/Utilities/Xdmf2/libsrc/XdmfDataDesc.h:202: error: &#39;strcpy&#39; was not declared in this scope<br>
In file included from /home/2zr/src/ParaView-3.8.0/Utilities/Xdmf2/libsrc/XdmfArray.cxx:25:<br>
/home/2zr/src/ParaView-3.8.0/Utilities/Xdmf2/libsrc/XdmfArray.h: In member function &#39;void XdmfArray::SetDataFromChars(char*)&#39;:<br>
/home/2zr/src/ParaView-3.8.0/Utilities/Xdmf2/libsrc/XdmfArray.h:398: error: &#39;strlen&#39; was not declared in this scope<br>
/home/2zr/src/ParaView-3.8.0/Utilities/Xdmf2/libsrc/XdmfArray.h:399: error: &#39;strcpy&#39; was not declared in this scope<br>
make[2]: *** [Utilities/Xdmf2/libsrc/CMakeFiles/Xdmf.dir/XdmfArray.cxx.o] Error 1<br>
make[1]: *** [Utilities/Xdmf2/libsrc/CMakeFiles/Xdmf.dir/all] Error 2<br>
make: *** [all] Error 2<br>
<br>
I did a little poking at the source code and it looks like the correct headers for the above functions are being included, but the compiler doesn&#39;t think so.<br>
<font color="#888888"><br>
Michael<br>
</font><div><div></div><div class="h5"><br>
-----Original Message-----<br>
From: Utkarsh Ayachit [mailto:<a href="mailto:utkarsh.ayachit@kitware.com">utkarsh.ayachit@kitware.com</a>]<br>
Sent: Monday, August 09, 2010 13:24<br>
To: Reuter, Michael A.<br>
Cc: <a href="mailto:paraview@paraview.org">paraview@paraview.org</a><br>
Subject: Re: [Paraview] New HDF5 based reader<br>
<br>
Hmm, looks like your plugin is linking against a system installed<br>
HDF5. Did you change the ParaView to use the same? Otherwise ParaView<br>
brings in its own version of HDF5 and the two can&#39;t work together. To<br>
ensure that ParaView and your plugin uses the same HDF5, set the cmake<br>
variable PARAVIEW_USE_SYSTEM_HDF5 to ON and then point CMake to the<br>
installed hdf5.<br>
<br>
Utkarsh<br>
<br>
On Mon, Aug 9, 2010 at 11:59 AM, Reuter, Michael A. &lt;<a href="mailto:reuterma@ornl.gov">reuterma@ornl.gov</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Hi,<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;                 I have been working at trying to get a NeXus<br>
&gt; (<a href="http://www.nexusformat.org" target="_blank">www.nexusformat.org</a>) file read into ParaView. The NeXus format is HDF5<br>
&gt; based and this seems to be the source of the current problem that I&#39;m<br>
&gt; encountering.  When I try to open a NeXus file via this call:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; NeXus::File *fh = new NeXus::File(filename, NXACC_READ);<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; I get the backtrace that&#39;s attached to this email. The lowest level frame is<br>
&gt; given here:<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.<br>
&gt;<br>
&gt; 0x00007fffd7a3da8b in H5FL_reg_malloc () from /usr/lib/libhdf5.so.6<br>
&gt;<br>
&gt; (gdb) bt<br>
&gt;<br>
&gt; #0  0x00007fffd7a3da8b in H5FL_reg_malloc () from /usr/lib/libhdf5.so.6<br>
&gt;<br>
&gt; .<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; At first, this looked like an issue with the system HDF5 libraries, but I<br>
&gt; can put the above line into a standalone program, link it against the same<br>
&gt; libraries and I can open a file without any errors. I have searched the list<br>
&gt; archive for any enlightenment, but I didn&#39;t find this particular problem. Is<br>
&gt; there anything special about using HDF5 libraries in ParaView plugins that I<br>
&gt; missed in the documentation? I am running on Ubuntu 10.04 using the provided<br>
&gt; HDF5 libraries and I have compiled and linked the NeXus libraries against<br>
&gt; the same HDF5 libraries.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; I know about Xdmf and have tried that with success, but I do not want to go<br>
&gt; down the two file route, so I&#39;d really like to get this reader working. I<br>
&gt; can provide more detailed information (like plugin source code, sample file<br>
&gt; etc.) to anyone who can help, but I don&#39;t want to spam the entire list with<br>
&gt; it right off the bat.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Thanks,<br>
&gt;<br>
&gt; Michael<br>
&gt;<br>
&gt; -------------------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt; Michael Reuter<br>
&gt;<br>
&gt; Scientific Data Analysis Group<br>
&gt;<br>
&gt; Neutron Scattering Science Division<br>
&gt;<br>
&gt; Oak Ridge National Laboratory<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; _______________________________________________<br>
&gt; Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
&gt;<br>
&gt; Visit other Kitware open-source projects at<br>
&gt; <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
&gt;<br>
&gt; Please keep messages on-topic and check the ParaView Wiki at:<br>
&gt; <a href="http://paraview.org/Wiki/ParaView" target="_blank">http://paraview.org/Wiki/ParaView</a><br>
&gt;<br>
&gt; Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
&gt; <a href="http://www.paraview.org/mailman/listinfo/paraview" target="_blank">http://www.paraview.org/mailman/listinfo/paraview</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
_______________________________________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ParaView Wiki at: <a href="http://paraview.org/Wiki/ParaView" target="_blank">http://paraview.org/Wiki/ParaView</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.paraview.org/mailman/listinfo/paraview" target="_blank">http://www.paraview.org/mailman/listinfo/paraview</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div></div>