<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 14 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
pre
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Preformatted Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New";}
span.apple-style-span
        {mso-style-name:apple-style-span;}
span.HTMLPreformattedChar
        {mso-style-name:"HTML Preformatted Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Preformatted";
        font-family:Consolas;}
span.EmailStyle20
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">So, I just tried the following:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">*Sources/ Wavelet.&nbsp; Apply.&nbsp; Display this by Outline.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">* Filters/ Alphabetical/ Transform.&nbsp; Translate X by 10.&nbsp; Apply.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">* Leaving the Transform filter highlighted in the pipeline browser, Filters/ Common/ Contor.&nbsp; Apply.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">* Now, if you turn on visibility of the original Wavelet, you see that the wavelet has moved along with the contour.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Or are you saying you want to move the two different files?&nbsp; Then, you use two transforms &#8211; one per file.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Alan<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> paraview-bounces@paraview.org [mailto:paraview-bounces@paraview.org]
<b>On Behalf Of </b>Tom Schoenemann<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, May 16, 2012 2:41 PM<br>
<b>To:</b> Samuel Key<br>
<b>Cc:</b> paraview@paraview.org<br>
<b>Subject:</b> [EXTERNAL] Re: [Paraview] different orientation of input files<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">I must be missing something. &nbsp;It only seems to move the bounding box, but not the location of the contour itself.. Not sure what that would be useful for, but in any case, I need to move the contour and/or data within the workspace, so
 the two overlap. &nbsp;Transform is only changing the box, not changing the location of the object within the box. &nbsp;Again, maybe I'm missing something.<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">-Tom<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">On May 16, 2012, at 2:32 PM, Samuel Key wrote:<o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Tom,<br>
<br>
Will the Transform filter work for you? (Filters&gt;Alphabetical&gt;Transform)<br>
<br>
It works for me with unstructured meshes. I don't know if it will work with a surface mesh produced ITK-SNAP.<br>
<br>
Sam Key<br>
<br>
On 5/16/2012 10:29 AM, Tom Schoenemann wrote: <o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Hi everyone, <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">I have a question about changing/editing the orientation and origin information about an input file. &nbsp;Basically, the problem is this: I have a 3D volume (originally voxel data) file that contains statistics on its surface that I want to
 display color-coded. &nbsp;I can create a nice smoothed version of the surface using a different piece of software (ITK-SNAP), and this is the surface I'd like to use to display my stats (Paraview does not allow you to smooth the surface in the same way that ITK-SNAP
 does, eliminating the stair-step surface artifacts). &nbsp;I can indeed read both the stats file and the surface file from ITK-SNAP into Paraview, but unfortunately they now have different origins. That is, they don't overlap (the bounding box for the stats is
 completely outside the surface model that ITK-SNAP created.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Originally, both files had the same orientation and origin: ITK-SNAP used the same file to create the beautiful surface that the stats were created with. &nbsp;<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">So Paraview apparently does not read the header info the same way for the two types of files, even though ITK-SNAP does. &nbsp;<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Is there a way to change the origin and/or orientation of files in Paraview? &nbsp;I'm assuming there is a simple transform I could figure out by trial and error to get them to overlap again, but I don't know how or where I would do this.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Thanks for any suggestions!<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">-Tom<o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">_________________________________________________<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">P. Thomas Schoenemann<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Associate Professor<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Department of Anthropology<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Indiana University<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Bloomington, IN &nbsp;47405<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Phone: 812-855-8800<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">E-mail:&nbsp;<a href="mailto:toms@indiana.edu"><span style="text-decoration:none">toms@indiana.edu</span></a><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Open Research Scan Archive (ORSA) Co-Director<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Consulting Scholar<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Museum of Archaeology and Anthropology<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">University of Pennsylvania<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Homepage:&nbsp;<a href="http://mypage.iu.edu/%7Etoms/">http://mypage.iu.edu/~toms/</a><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;"><br>
<br>
</span><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre>
<pre>Powered by <a href="http://www.kitware.com/">www.kitware.com</a><o:p></o:p></pre>
<pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre>
<pre>Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html">http://www.kitware.com/opensource/opensource.html</a><o:p></o:p></pre>
<pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre>
<pre>Please keep messages on-topic and check the ParaView Wiki at: <a href="http://paraview.org/Wiki/ParaView">http://paraview.org/Wiki/ParaView</a><o:p></o:p></pre>
<pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre>
<pre>Follow this link to subscribe/unsubscribe:<o:p></o:p></pre>
<pre><a href="http://www.paraview.org/mailman/listinfo/paraview">http://www.paraview.org/mailman/listinfo/paraview</a><o:p></o:p></pre>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">_________________________________________________<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">P. Thomas Schoenemann<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Associate Professor<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Department of Anthropology<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Indiana University<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Bloomington, IN &nbsp;47405<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Phone: 812-855-8800<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">E-mail:&nbsp;<a href="mailto:toms@indiana.edu"><span style="text-decoration:none">toms@indiana.edu</span></a><o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Open Research Scan Archive (ORSA) Co-Director<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Consulting Scholar<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Museum of Archaeology and Anthropology<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">University of Pennsylvania<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black">Homepage:&nbsp;<a href="http://mypage.iu.edu/~toms/">http://mypage.iu.edu/~toms/</a><o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:9.0pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:13.5pt;font-family:&quot;Helvetica&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:black"><br>
<br>
</span><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</div>
</body>
</html>