<div dir="ltr">For structured data, prefer the "Extract Subset" filter to the "Clip" filter. Subset works in the topological space and therefore preserves the implicitly defined geometry and topology.<div>

<br></div><div>Once you reduce the size to something manageable with that, (either through subrange or striding) then the filters that change representation to unstructured can be useable.</div><div><br></div><div>The best practices chapters of the paraview guide and tutorial explain in more detail.<br>

<div><br></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div>David E DeMarle<br>Kitware, Inc.<br>R&D Engineer<br>21 Corporate Drive<br>Clifton Park, NY 12065-8662<br>Phone: 518-881-4909</div>


<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jun 6, 2014 at 3:29 AM, Dr. Roman Grothausmann <span dir="ltr"><<a href="mailto:grothausmann.roman@mh-hannover.de" target="_blank">grothausmann.roman@mh-hannover.de</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Concerning the clipping of volume data when doing volume rendering is done more precise in paraview than often necessary: even individual voxels are clipped. With such large data this is likely not visible at all. I therefore tried to use the vtkImplicitFunctionToImageSten<u></u>cil to create a paraview plugin. Sadly so far that can only be done outside paraview. See this thread:<br>


<a href="http://www.paraview.org/pipermail/paraview/2013-August/028988.html" target="_blank">http://www.paraview.org/<u></u>pipermail/paraview/2013-<u></u>August/028988.html</a><br>
and on mantis:<br>
<a href="http://www.paraview.org/Bug/view.php?id=14236" target="_blank">http://www.paraview.org/Bug/<u></u>view.php?id=14236</a><br>
<br>
Best wishes<br>
Roman<div class=""><br>
<br>
<br>
On 02/06/14 19:11, Scott, W Alan wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Not replying to your specific questions below, but ... you have some pretty large data here! Â It is amazing how a fairly small cell count on the edge of your data (for instance X axis) can become huge when you add a Y axis and Z axis.<br>


<br>
You have about 375 million cells. Â If you were able to volume render that on a local server, one machine, I believe you have the world's record! Â Wow.<br>
<br>
Generally speaking, I sort of tell people that anything around thousands of cells is a toy, a million is real data (and you should start thinking about using a cluster for a back end), and a billion is hero size and you want some heavy iron to deal with it. Â Tens of billions, and especially trillions, pushes state of the art. Â If you are volume rendering, divide any of these numbers by 10.<br>


<br>
By the way, exascale will be in the trillions of cells. Â Some of the greatest minds in the world are still trying to figure out how to visualize data of this size.<br>
<br>
Alan<br>
<br>
-----Original Message-----<br>
From: ParaView [mailto:<a href="mailto:paraview-bounces@paraview.org" target="_blank">paraview-bounces@<u></u>paraview.org</a>] On Behalf Of <a href="mailto:Robert.Atwood@diamond.ac.uk" target="_blank">Robert.Atwood@diamond.ac.uk</a><br>


Sent: Monday, June 02, 2014 9:42 AM<br>
To: <a href="mailto:paraview@paraview.org" target="_blank">paraview@paraview.org</a><br>
Subject: [EXTERNAL] [Paraview] Memory explosion and strange behaviour -- Linux -- 'clip' -- 360 MB file needs 60 GB ??<br>
<br>
Hi,<br>
I like volume viewing in Paraview 4.1.0 so far!<br>
<br>
But, when I try to use even what I consider a rather small subset of one image file that I work with normally, the large memory on my large memory workstation still gets used up.<br>
<br>
I am using Red Hat 6 on a system with 100 GB of Ram, adn a Quadro 6000 graphics card. I have compiled the Paraview code that I downloaded on Friday.<br>
<br>
The image I loaded is saved as raw unsinged 8-bit and is 860x872x501 voxels i.e. about 360 MB file. If I load it and then try to apply the 'clip' tool, the system is unresponsive for a few minutes. If I run 'top ' during this process I see the memory in use expand up to 60 GB , this seems excessive!<br>


<br>
Then, the resulting display behaves oddly, the clipped view suddenly 'vanishes' after moving the view around ??<br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br></div>
Dr. Roman Grothausmann<br>
<br>
Tomographie und Digitale Bildverarbeitung<br>
Tomography and Digital Image Analysis<br>
<br>
Institut für Funktionelle und Angewandte Anatomie, OE 4120<br>
Medizinische Hochschule Hannover<br>
Carl-Neuberg-Str. 1<br>
D-30625 Hannover<br>
<br>
Tel. <a href="tel:%2B49%20511%20532-9574" value="+495115329574" target="_blank">+49 511 532-9574</a><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
______________________________<u></u>_________________<br>
Powered by <a href="http://www.kitware.com" target="_blank">www.kitware.com</a><br>
<br>
Visit other Kitware open-source projects at <a href="http://www.kitware.com/opensource/opensource.html" target="_blank">http://www.kitware.com/<u></u>opensource/opensource.html</a><br>
<br>
Please keep messages on-topic and check the ParaView Wiki at: <a href="http://paraview.org/Wiki/ParaView" target="_blank">http://paraview.org/Wiki/<u></u>ParaView</a><br>
<br>
Follow this link to subscribe/unsubscribe:<br>
<a href="http://www.paraview.org/mailman/listinfo/paraview" target="_blank">http://www.paraview.org/<u></u>mailman/listinfo/paraview</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>