TrackSpecification: Difference between revisions

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== Specification for track file format ==
== Specification for track file format ==
<pre>
<pre>
 
                                            |Optional|
<ImagingSession>                            |  **** SESSION INFORMATION ****
<ImagingSession>                            |  Y    | **** SESSION INFORMATION ****
   <HeaderFile>                              |
   <HeaderFile>                              |   Y    | Name of the MegaCapture File containing all the session information
    CaltechZebrafishSubsetData.meg          |   Name of the megaFile containing all the session information
    CaltechZebrafishSubsetData.meg          |  -    | 
   </HeaderFile>                              |
   </HeaderFile>                              |  -    |
</ImagingSession>                            |
</ImagingSession>                            |  -    |
<ListOfTracks>                              |
<ListOfTracks>                              |   N    | **** TRACK INFORMATION ****
   <NumberOfTracks>                          |
   <NumberOfTracks>                          |   N    | Number of tracks contained in the lineage
     327                                       |
     327                                     |  -    |
   </NumberOfTracks>                          |  Number of tracks contained in the lineage
   </NumberOfTracks>                          |  -    | 
   <Track>    
   <Track>                                   |  N    |
     <TrackID>
     <TrackID>                               |  Y    | Id of the lineage that the track belongs to
       2
       2                                     |  -    |
     </TrackID>                                 **** TRACK INFORMATION ****
     </TrackID>                               |  -    |   
     <LineageID>
     <LineageID>                             |  Y    |
       0
       0                                     |  -    |
     </LineageID>
     </LineageID>                             |  -    |
     <MotherTrackID>
     <MotherTrackID>                         |  Y    |
       2
       2                                     |  -    |
     </MotherTrackID>                                 |    + Id of the lineage that the track belongs to
     </MotherTrackID>                         |  -    |     
     <ListOfMeshes>                               |  **** GLOBAL MESH INFORMATIONS ****
     <ListOfMeshes>                           N    |    **** MESHES IN THIS TRACK ****
       <NumberOfMeshes>
       <NumberOfMeshes>                       |  N    | Number of meshes contained in the track
         23    
         23                                   |  -    |
       </NumberOfMeshes>                       |    + Number of meshes contained in the track
       </NumberOfMeshes>                     |  -    |     
       <Mesh>
       <Mesh>                                 |  N    | **** MESH INFORMATIONS ****
         <MeshID>
         <MeshID>                             |  Y    |
           3
           3                                 |  -    |
         </MeshID>                                       **** MESH INFORMATIONS ****
         </MeshID>                           |  -    |   
         <TCoord>
         <TCoord>                             |  N    | Time coordinate of the mesh
           0
           0                                 |  -    |
         </TCoord>                                     |    + Time coordinate of the mesh
         </TCoord>                           |   -  
         <Centroid>
         <Centroid>                           |  N    | Spatial coordinate of the mesh's centroid
           <X>114.4960</X>
           <X>114.4960</X>                   |  N    | X coordinate
           <Y>202.7230</Y>
           <Y>202.7230</Y>                   |  N    | Y coordinate
           <Z>66.7290>/Z>
           <Z>66.7290>/Z>                   |  N    | Z coordinate
         </Centroid>           |    + Spatial coordinate of the mesh
         </Centroid>                         |  -    |     
         <Volume>  
         <Volume>                             |  Y    | Volume of mesh
           537.92
           537.92                             |  -    |
         </Volume>                               |    + Size of the mesh
         </Volume>                           |   -  
         <Filename>
         <Filename>                           |  Y    | Filename of the vtk file containing the geometry of the mesh
           0_1.vtk
           0_1.vtk                           |  -    |
         </Filename>                             |    + Corresponding .vtk file
         </Filename>                         |   -  
         <Intensity>                                 |    + intensity informations
         <Intensity>                         |   Y   | intensity informations
           <Channel>0</Channel>                                   |    - Channel
           <Channel>0</Channel>               |  Y    |    - Channel
           <AverageValue>95.95</AverageValue>                         |    - Average corresponding intensity
           <AverageValue>95.95</AverageValue> |  Y    |    - Average corresponding intensity
         </Intensity>                                 |
         </Intensity>                         |  -    |
       </Mesh>                                     |
       </Mesh>                               |  -    |
     </ListOfMeshes>
     </ListOfMeshes>                         |  -    |
   <Track>    
   <Track>                                   |  -    |
<ListOfTracks>
<ListOfTracks>                               |  -    |


</pre>
</pre>

Revision as of 18:17, 25 July 2011

Specification for track file format

                                             |Optional|
<ImagingSession>                             |   Y    | **** SESSION INFORMATION ****
  <HeaderFile>                               |   Y    | Name of the MegaCapture File containing all the session information
    CaltechZebrafishSubsetData.meg           |   -    |  
  </HeaderFile>                              |   -    |
</ImagingSession>                            |   -    |
<ListOfTracks>                               |   N    | **** TRACK INFORMATION ****
  <NumberOfTracks>                           |   N    | Number of tracks contained in the lineage
    327                                      |   -    |
  </NumberOfTracks>                          |   -    |   
  <Track>                                    |   N    |
    <TrackID>                                |   Y    | Id of the lineage that the track belongs to
      2                                      |   -    |
    </TrackID>                               |   -    |   
    <LineageID>                              |   Y    |
      0                                      |   -    |
    </LineageID>                             |   -    |
    <MotherTrackID>                          |   Y    |
      2                                      |   -    |
    </MotherTrackID>                         |   -    |    
    <ListOfMeshes>                           |   N    |    **** MESHES IN THIS TRACK ****
      <NumberOfMeshes>                       |   N    | Number of meshes contained in the track
        23                                   |   -    |
      </NumberOfMeshes>                      |   -    |    
      <Mesh>                                 |   N    | **** MESH INFORMATIONS ****
        <MeshID>                             |   Y    |
          3                                  |   -    |
        </MeshID>                            |   -    |   
        <TCoord>                             |   N    | Time coordinate of the mesh
          0                                  |   -    |
        </TCoord>                            |   -    |   
        <Centroid>                           |   N    | Spatial coordinate of the mesh's centroid
           <X>114.4960</X>                   |   N    | X coordinate
           <Y>202.7230</Y>                   |   N    | Y coordinate
           <Z>66.7290>/Z>                    |   N    | Z coordinate
        </Centroid>                          |   -    |    
        <Volume>                             |   Y    | Volume of mesh
          537.92                             |   -    |
        </Volume>                            |   -    |   
        <Filename>                           |   Y    | Filename of the vtk file containing the geometry of the mesh
          0_1.vtk                            |   -    |
        </Filename>                          |   -    |  
        <Intensity>                          |   Y    | intensity informations
          <Channel>0</Channel>               |   Y    |     - Channel
          <AverageValue>95.95</AverageValue> |   Y    |     - Average corresponding intensity
        </Intensity>                         |   -    |
      </Mesh>                                |   -    |
    </ListOfMeshes>                          |   -    |
  <Track>                                    |   -    |
<ListOfTracks>                               |   -    |